Сэр Алекс Фергюсон — главный тренер «Манчестер Юнайтед» с ноября 1986 года
В первом сезоне под руководством Алекса Фергюсона «Юнайтед» завершил чемпионат на 11-м месте. Уже в следующем сезоне 1987/88 «Юнайтед» финишировал вторым, но не смог повторить этот успех в следующем сезоне. В начале 1990 года Фергюсон был на грани отставки из-за длительной серии матчей без побед. Однако удачное выступление команды в Кубке Англии, завершившееся победой в финале 1990 года над «Кристал Пэлас», сохранило за Фергюсоном тренерский пост.
В сезоне 1990/91 «Юнайтед» вышел в финал Кубка Лиги, в котором уступил клубу Рона Аткинсона «Шеффилд Уэнсдей». В этом же сезоне «Юнайтед» выиграл Кубок обладателей кубков и Суперкубок УЕФА. В следующем сезоне клуб снова добрался до финала Кубка Лиги и на этот раз выиграл его, победив «Ноттингем Форест». Летом 1991 года в команду перешёл Петер Шмейхель, который провёл 17 «сухих матчей» в чемпионате сезона 1991/92, в котором «Юнайтед» финишировал на 2-м месте после «Лидса». В 1992 году клуб подписал Эрика Кантона 1,2 млн. фунтов. Переход в клуб харизматичного француза сказался на результатах команды: в сезоне 1992/93 «Манчестер Юнайтед» выиграл чемпионский титул — впервые после 1967 года. В июле 1993 года в команду из «Ноттингем Форест» перешёл Рой Кин. В сезоне 1993/94 «Юнайтед» впервые в своей истории выиграл «дубль»: Премьер-лигу и Кубок Англии. После окончания неудачного для команды сезона 1994/95 Фергюсон решил продать ряд ключевых футболистов, заменив их молодыми игроками из Академии «Юнайтед» (Дэвид Бекхэм, Пол Скоулз, Гари Невилл, Фил Невилл). Обновлённый «Юнайтед» в сезоне 1995/96 снова выиграл «дубль». [21] После ухода из команды Стива Брюса в 1996 году новым капитаном был назначен Кантона. Он привёл команду к очередному чемпионству в сезоне 1996/97, но по его окончанию объявил о завершении карьеры. На замену французскому форварду был приобретён Тедди Шерингем, а футболка с номером «7» перешла к Дэвиду Бекхэму. Сезон 1998/99 стал самым успешным за всю историю клуба: «Манчестер Юнайтед» выиграл Премьер-лигу, Кубок Англии и Лигу чемпионов, став первым английским клубом, которому покорялся подобный «требл» в одном сезоне.[22] Чемпионский титул Премьер-лиги «Юнайтед» выиграл лишь в последнем туре, обыграв «Тоттенхэм Хотспур» со счётом 2:1. [23] В финале Кубка Англии «красные дьяволы» со счётом 2:0 победили «Ньюкасл». [24] В финале Лиги чемпионов «Юнайтед» выиграл у мюнхенской «Баварии», вырвав победу 2:1 в добавленное время. [22] После этой победы Фергюсон был посвящён в рыцари за заслуги перед футболом.[25] В завершении триумфального сезона клуб также стал обладателем Межконтинентального кубка, победив бразильский «Палмейрас».[26]
«Юнайтед» выиграл Премьер-лигу в сезонах 1999/2000 и 2000/01, но на европейской арене выступал неудачно. Сезон 2001/02 команда завершила на 3-м месте, однако в следующем сезоне вновь выиграла Премьер-лигу. После этого успеха «Манчестер Юнайтед» не мог выиграть чемпионский титул на протяжении четырёх лет. В 2004 году клуб выиграл Кубок Англии. Титул чемпионов Англии вернулся на «Олд Траффорд» лишь по итогам сезона 2006/07. В сезоне 2007/08 «Юнайтед» удалось выиграть «европейский дубль», став чемпионами в Премьер-лиге и Лиге чемпионов. В сезоне 2008/09 «Манчестер Юнайтед» в третий раз подряд стал чемпионом Премьер-лиги, а также выиграл Кубок Футбольной лиги и Клубный чемпионат мира.